Il ne faut pas confondre le Suprême Conseil et le Conseil Suprême. Ce dernier est l'Atelier qui réunit tous les Souverains Grands Inspecteurs Généraux, 33e degré du Rite, tandis que le premier est l'instance de gouvernance de la Juridiction, de gestion et de protection du Rite Écossais Ancien et Accepté.

Sa mission, sa création et sa composition sont fixées par les Grandes Constitutions de Berlin (1786), ainsi que par les statuts et le Règlement Général du S.C.N.D.F.

Il comprend au moins neuf et au plus trente-trois membres, tous Souverains Grands Inspecteurs Généraux.

Il décide de la création des Ateliers de la Juridiction, de l'acceptation et de la promotion des Frères, ainsi que de leur affectation dans un Atelier.

Conservateur du Rite, il veille à sa parfaite transmission et à la parfaite régularité des Travaux des Ateliers.

Le Suprême Conseil est dirigé par un Grand Commandeur, chef de la Juridiction et élu pour trois ans. Il est également le président de l'association civile Suprême Conseil National de France du Rite Écossais Ancien et Accepté.

Il est assisté d'un Lieutenant Grand Commandeur, seul habilité à lui suppléer si nécessaire.

Le Grand Commandeur est assisté par dix autres Officiers et par plusieurs membres actifs sans office.

Ainsi que l'indiquent les Grandes Constitutions de Berlin (1786), la mission des Souverains Grands Inspecteurs Généraux est : d'instruire et éclairer leurs Frères ; de faire régner parmi eux la Charité, l'Union et l'Amour fraternel ; de maintenir la régularité dans les travaux de chaque Degré et de veiller à ce qu'elle soit observée par tous les Membres ; de faire respecter, et, dans toutes les occasions, de respecter et de défendre les Dogmes, les Doctrines, les Instituts, les Constitutions, les Statuts et les Règlements de l'Ordre, et principalement ceux de la Haute Maçonnerie, et enfin de s'appliquer, en tous lieux, à faire des œuvres de Paix et de Miséricorde.

"Sous la Juridiction du Suprême Conseil National De France des Souverains Grands Inspecteurs Généraux du 33e et dernier degré du Rite Écossais Ancien et Accepté" : comme le veut la tradition, c'est sous ces auspices et par cette invocation que s'ouvrent les Travaux de tous les Ateliers et tous les Frères de la Juridiction.

C'est du Suprême Conseil qu'émane, dans les hauts-grades, dont il est le conservateur et le protecteur, toute autorité, conformément aux Grandes Constitutions de 1786 : celle de constituer les Ateliers, d'en nommer les responsables, de décider du parcours maçonnique des Frères, de leur nomination comme de leurs promotion.

Cette réalité s'inscrit, non dans la simple reproduction d'un schéma historique daté, mais dans une volonté prospective, celle d'instaurer le règne pacificateur, harmonieux et unificateur du Saint Empire, c'est-à-dire, non pas un projet politique (la Maçonnerie s'interdit toute ingérence en ce domaine), mais le but même que le Rite se fixe : atteindre l’union, le bonheur, le progrès et le bien-être de la famille humaine en général et de chaque homme individuellement.